در میان رتبه‌بندی‌های مختلف عملکرد دانشگاه‌ها، رتبه‌بندی‌های شانگهای، تایمز، کیو اس و لایدن به علاوه مجموعه مقالات چاپ شده در نیچر ایندکس در علوم پایه، از معتبرترین نظام‌های رتبه‌بندی هستند.
پایگاه سنجش علم لایدندر میان رتبه‌بندی‌های مختلف عملکرد دانشگاه‌ها، رتبه‌بندی‌های شانگهای، تایمز، کیو اس و لایدن به علاوه مجموعه مقالات چاپ شده در نیچر ایندکس در علوم پایه، از معتبرترین نظام‌های رتبه‌بندی هستند. نظام‌های رتبه‌بندی شانگهای، تایمز و کیو اس نظام‌های با دیدگاه کلی هستند ولی در نظام لایدن و نیچر ایندکس کیفیت، میزان تأثیرگذاری هر دانشگاه در عرصه علم و کمیت انتشارات به تفکیک مورد بررسی قرار می‌گیرد.
اساس رتبه‌بندی دانشگاه‌ها در مؤسسه لایدن تعداد مقالات چاپ شده در مجلات معتبر علمی و نیز تعداد مقالات متعلق به دسته‌های ١%، ١٠%، و ٥٠% نخست مقالات مورد ارجاع است. علاوه بر رتبه‌بندی کلی، در پنج حوزه دانشی شامل ریاضیات و علوم کامپیوتر، علوم فیزیکی و مهندسی، علوم سلامت وپزشکی، علوم زیستی و زمین و همچنین علوم اجتماعی و انسانی نیز رتبه‌بندی‌های جداگانه صورت می‌گیرد.
در گزارش ٢٠١٦ این پایگاه، از میان تمام دانشگاه‌های دنیا ٨٤٢ دانشگاه از ٥٣ کشور حدنصاب شرکت در این رتبه‌بندی را کسب کردند که جمهوری اسلامی ایران با ١٤ دانشگاه، رتبه پانزدهم جهان، رتبه ششم آسیا و رتبه نخست منطقه را به لحاظ تعداد دانشگاه‌های حاضر در رتبه‌بندی داراست. دانشگاه‌های تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، فردوسی مشهد، تبریز، شیراز، اصفهان، صنعتی امیرکبیر، علم و صنعت ایران، صنعتی شریف، صنعتی اصفهان، خواجه نصیرالدین طوسی، علوم پزشکی تهران و علوم پزشکی شهید بهشتی دانشگاه‌های حاضر در این گزارش هستند. در گزارش ٢٠١٦ دو دانشگاه اصفهان و خواجه نصیرالدین طوسی به فهرست اضافه شدند و دانشگاه آزاد اسلامی علوم و تحقیقات که در رتبه‌بندی ٢٠١٥ شرکت داشت حذف شد. از کشورهای منطقه ١٢ دانشگاه ترکیه، ٤ دانشگاه عربستان سعودی،٧ دانشگاه رژیم صهیونیستی و تنها ٢ دانشگاه روسیه در این رتبه‌بندی حضور دارند.
ایران از منظر تعداد مقالات چاپ شده این چهارده دانشگاه رتبه ١٨ جهان و از لحاظ تعداد مقالات چاپ شده حاضر در ٥٠% بالای رتبه‌بندی ارجاعات، رتبه ٢١ جهان را داراست. پیشرفت ایران علیرغم وجود تحریم‌ها و با توجه به اینکه هیأت تحریریه مجلات عمدتاً آمریکایی و اروپایی هستند قابل تأمل است.
در زمینه کمیت پژوهش، دانشگاه تهران با بالاترین تعداد مقاله نسبت به دیگر دانشگاه‌های کشور طی سال‌های ٢٠١١ تا ٢٠١٦ از رتبه ٣٠٩ به ٢٢٨ بهبود وضعیت داشته و پایین‌ترین رتبه نیز مربوط به دانشگاه اصفهان است که در رتبه ٨٢٠ از ٨٤٢ دانشگاه موثر جهانی قرار گرفته. دانشگاه‌های دیگر طی سال‌های مختلف ارزیابی با رشدی کم‌آهنگ یا ثبات رتبه کمّی خود در میان دانشگاه‌های دیگر جهان روبرو بوده‌اند.
در زمینه کیفیت پژوهش که با شاخص نسبت تعداد مقالات حاضر در ١٠% بالای رتبه‌بندی ارجاعات به کل مقالات منتشر شده توسط هر دانشگاه بررسی می‌شود، وضعیت دانشگاه‌های ایران قابل توجه است و از آنجا که این شاخص میزان اثر گذاری در علم را بیان می‌کند، نحوه عملکرد دانشگاه‌های ایران خصوصاً در ٤ سال گذشته قابل تأمل است. به غیر از دانشگاه شهید بهشتی و دانشگاه فردوسی مشهد که از رشد کیفی برخوردارند، دیگر دانشگاه‌های کشور شاهد کاهش آشکار رتبه خود هستند. کاهش رتبه برای این دانشگاه‌ها دارای یک روند کلی است که از وجود عوامل یکسان روی این افت حکایت می‌کند.
دانشگاه امیرکبیر که به عنوان تاثیرگذارترین دانشگاه ایران در طی چهار سال ارزیابی از رتبه ٣٥٧ به رتبه ٥٠٣ نزول کرده و دیگر دانشگاه‌ها نیز با افت بیش از ١٠٠ پله‌ای مواجه هستند. در دانشگاه صنعتی شریف نیز با کاهش کمّی و کیفی روبرو می‌شویم که تنزل این دانشگاه را از رتبه ٣٧٠ به رتبه ٦٠٠ رقم زده است. دانشگاه تهران که در کمیت برترین جایگاه را در میان دانشگاه‌های ایرانی دارد از رتبه ٥٤٥ به رتبه ٦٤٦ سقوط کرده است. این سقوط کیفیت در حالی صورت گرفته که دانشگاه‌های رژیم صهوینیستی و عربستان سعودی در حال پیشرفت هستند.
