پرسپولیس در سال 1381 در اولین دوره لیگ برتر قهرمان شد تا اولین نماینده ایران در لیگ قهرمانان آسیا باشد.
پرسپولیس در سال 1381 در اولین دوره لیگ برتر قهرمان شد تا اولین نماینده ایران در لیگ قهرمانان آسیا باشد. قرمزپوشان در مرحله یک هشتم نهایی لیگ قهرمانان در گروه D رقابت‌ها با تیم‌های پاختاکور ازبکستان، الطلبه عراق و نیسای ترکمنستان همگروه بودند. در پایان این دور از رقابت‌ها شانس با سرخپوشان تهران همراه نبود.
پرسپولیس در این رقابت‌ها الطلبه را با حساب یک بر صفر شکست داد اما با همین نتیجه از پاختاکور شکست خورد. قرمزهای پایتخت علی‌رغم برد در بازی آخرخود مقابل نیسای ترکمنستان از حضور در رقابت‌های نیمه نهایی لیگ قهرمانان آسیا بازماند. این بازی با حساب چهار بر یک به سود تیم پرسپولیس به پایان رسید.
گل‌های تیم پرسپولیس را حسن خان‌محمدی 14 و 76، یحیی گل‌محمدی (47) و امیرحسین اصلانیان (90) به ثمر رساندند. تک‌گل ترکمن‌ها را امان مرات مدیروف (89) برای تیم خود زد. تیم پرسپولیس که در صورت برد الطلبه عراق در برابر پاختاکور به دور بعد صعود می‌کرد، با پیروزی سه بر صفر پاختاکور ازبکستان در مقابل الطلبه عراق، از ادامه بازی‌ها باز ماند.
از گروه D تیم پاختاکور با 9 امتیاز به عنوان تیم اول به مرحله نیمه نهایی صعود کرد و پرسپولیس شش امتیازی دوم شد اما در آن سال تنها تیم اول از گروه صعود می‌کرد. پس از آن پرسپولیس تا سال 2009 فرصت حضور در این رقابت‌ها را کسب نکرد. در این سال قرمزپوشان هر چند با نتیجه پنج بر یک مقابل الغرافه شکست خوردند اما صدرنشین گروه سه تیمه خود شدند.
آنها در مرحله یک هشتم نهایی برابر بنیادکار ازبکستان در تهران با نتیجه یک بر صفر شکست خوردند و از دور رقابت‌ها کنار رفتند. در سال 2011 پرسپولیس در دوره نهم این بازی‌ها بدترین نتایج همه عمر خود را در بازی‌ها به دست آورد و در گروه چهار تیمی خود چهارم شد و از دور بازی‌ها کنار رفت.
در آن گروه الاتحاد عربستان و بنیادکار ازبکستان به ترتیب اول و دوم شدند و صعود کردند. پرسپولیس با تنها یک پیروزی، سه شکست و دو تساوی پایین‌تر از الوحده امارات، در گروه C چهارم شد. در سال 2012 قرمزپوشان در گروه خود دوم شدند و راهی دور یک هشتم نهایی شدند اما با نتیجه سه بر صفر مقابل الاتحاد عربستان شکست خوردند.
به این ترتیب پرسپولیس تنها تیم ایرانی است که با وجود چهار دوره حضور در لیگ قهرمانان، حتی یک بار هم به جمع هشت تیم برتر آسیا نرسیده است. در سال 2015 پرسپولیس در گروه A رقابت‌ها با لخویای قطر، النصر عربستان و بنیادکار ازبکستان همگروه شد. در پایان این مرحله قرمزهای تهران در گروه خود دوم شدند و به همراه لخویای صدرنشین صعود کردند.
سرخپوشان باز هم در مرحله یک هشتم نهایی ناکام ماندند. آنها در تهران الهلال عربستان را با پیروزی خفیف یک بر صفر شکست دادند تا همه نگران بازی برگشت باشند. در عربستان اوضاع برای نماینده ایران خوب پیش نرفت و آنها با سه گل از حریف خود شکست خوردند و از گردونه رقابت‌ها کنار رفتند.
